對于一般生命科學實驗室來說，酶標儀主要可用于基因表達、信號傳導、ELISA、蛋白和核酸定量、細胞活性分析和免疫分析。如果要進行細胞學實驗，酶標儀一般要能夠底部讀取、微孔板掃描、并支持孵育和搖晃。而要做高通量篩選的實驗室，就需要考慮到檢測速度和靈敏度。高通量篩選可能涉及到特殊篩選溶液、更低的檢測限以及大量微孔板。在選擇酶標儀時除了要關注可靠性、靈敏度和一致性以外，能否對微孔板所有孔進行同時檢測也是不可忽視的考量因素。